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台北市政府的組織架構，最早可追朔至日治時期，於1920年台北設市時所成立的「台北市役所」，而今日的行政院建築物所在地則為日治時期的台北市役所遺跡。

1920年台北設市時所成立的台北市役所，當時的辦公廳舍即為今日的行政院大廈。1945年以後，台灣歸屬於以蔣介石為首的國民政府，當時作為台灣最高統治機關的台灣省行政長官公署特別選址於日治時期的台北市役所廳舍運作，使得甫成立不久的台北市政府，只得就近使用位於今日台北車站附近的舊建成小學校校舍做為其辦公場所。

行政院目前的院址（通稱行政院院區）係最早啟用於1957年，地理位置位於台北市中正區忠孝東路與中山北路的交叉口，與監察院隔街相望。行政院大廈原為日治時期的台北市役所（台北市政府前身）所在地，設計者是台灣總督府營繕課課長井手 薰，由大同公司前身的協志商會負責施工，並於1940年落成；第二次世界大戰後，國民政府接收台灣，在1945年至1957年期間曾先後成為台灣省行政長官公署、台灣省政府的辦公廳舍，目前已被列為國定古蹟。

值得一提的是，「台北市役所」(今 行政院)居然是由台灣的營造廠負責承造。承攬這座公共工程的營造廠商為大同公司前身協志營造廠，主持人為林挺生的尊翁林尚志（舊名林堤灶）先生，協志營造廠在第二次世界大戰後轉型為電氣及鐵工廠，製造大同馬達及電扇、電冰箱。因為協志營造廠在日治時期曾經承包當時台灣總督府正後面一座電信局（1925年，原台灣總督府交通局遞信部），頗獲好評，才得以承攬台北市役所這項公共工程。台北市役所新大廈落成，總共費時三年四個月。當時台北市役所(今 行政院)的基地面積為7441坪，為四層樓建築，局部設置地下室，總建坪為3371坪。

台北市役所(今 行政院)的中央大樓是日治後期所建的少數大型政府辦公大樓之一，每層樓面積都達1000多坪，充分展現當時之現代建築設計潮流，設計頗為新潁 。台北市役所(今 行政院)平面呈日字型，四周為辦公室，中央為集會堂 。中央大樓入口大廳為四層樓，其餘為三層樓。

台北市役所(今 行政院)平面雖仍為古典的對稱式平面，但造型頗有新意，主入口正立面有一對巨大方柱，使用簡化的柱頭裝飾。內側設有迴廊，外側則突出陽台 。陽台轉角處作成弧形，強調水平流線型，皆30年代現代建築常用之建築語彙 。台北市役所(今 行政院)原來外牆貼褐色面磚，只有柱子與門亭為白色，為具有戰時防空襲效果之所謂國防色面磚 。

台北市役所(今 行政院)的大樓屋頂不再作古典的希臘式三角頂或圓頂，也不作尖塔，而是水平的屋頂，外觀特別強調水平線，室內牆面也是如此。台北市役所(今 行政院)是日本國勢鼎盛時期（1937年）的代表性建築物之一，主要的建築風格設計明顯受到當時全世界流行的現代主義的影響 。


註:台北市役所(今 行政院)中央大樓的設計者是台灣總督府營繕課的井手 薰，他1906年畢業於東京帝國大學，於1911年來台，在台時間長達34年，曾設計許多著名建築物，包括：濟南基督長老教會（1916年）、前美國文化中心（1931年，原台灣教育會館）、司法大廈（1934年，司法院）、中山堂（1936年，原公會堂）、台灣大學舊總圖書館（1928年）、台大文學院（1928年）、師大禮堂（1929年）等。